Pour la sixième édition de Secret Story, la superficie a encore été revue à la hausse, avec désormais 1 000 m2, contre 800 m2 l'année précédente sont installés dans la maison. Cette maison est la plus grande jamais construite dans Secret Story.
En plus du téléphone rouge qui servait à amener de bonnes ou mauvaises nouvelles aux candidats, un téléphone noir annoncera uniquement des mauvaises nouvelles lors de la première semaine, ce téléphone étant un lien direct avec les décisions des habitants de la Secret Box. La production de l'émission annonce également des « outils innovants comme le distributeur d'indices et de nouvelles pièces secrètes ».
La décoration est réalisée par Michèle Sarfati, autour du thème du voyage. Le jardin est décliné en trois couleurs : le rose, le vert et le bleu, tandis qu'une Joconde aux allures de statue de la Liberté surveille la piscine à deux étages. Les deux chambres sont ouvertes et s'articulent de chaque coté de la piscine. Le visage de la Joconde est évidemment régulièrement présent et de nombreux trompe-l’œil et indices sont dissimulés sur les murs et le sol, notamment un mystérieux circuit imprimé occupant la majeure partie du salon. Ce salon à dominante rose est principalement inspiré de l'Inde, tandis que le confessionnal semble disposé dans les nuages. Plan de la maison des secrets lors de cette sixième saison.Lors de cette sixième saison, des pièces cachées aux candidats au début de l'émission ont également fait leur apparition :
- La Secret Box
Cette pièce est un cube noir aux vitres teintées, situé au milieu du salon. Elle est directement reliée à une pièce à dominantes noires et rouges au centre de laquelle se trouve un buzz noir. Lors du premier prime, le 25 mai 2012, Audrey, Midou et Émilie rejoignent la Secret Box et la pièce adjacente. Ils peuvent ainsi voir l'intérieur de la maison sans être vus. Ils disposent d'une semaine pour trouver le secret d'un candidat et le remplacer dans la maison, intégrant ainsi définitivement l'aventure. Toutefois, à la suite de l’abandon de Marie le 30 mai, Émilie quitte la Secret Box et rejoint la Maison des Secrets. Le 1er juin 2012, Audrey et Midou quittent à leur tour cette pièce après avoir été sauvés par le public. Lors de la troisième semaine, la Voix donne à Julien l'accès à cette pièce afin d'espionner les autres candidats et d'ainsi se conforter dans son choix pour les nominations, puisqu'il bénéficie d'une double voix. Fanny est sa complice et devra tenter de cacher sa présence dans ce cube. Cette mission a finalement été annulée.
- La salle de la confiance
Cette salle est le lieu où des candidats sont soumis à des dilemmes. Elle est composée des couleurs rouge et blanche, des mains rouges en plastique sont dispersées dans la pièce. Elle est utilisée lors du prime du 8 juin 2012. Deux cartes, une bonne et une mauvaise, sont placées dans deux boîtes. Un premier candidat, qui connaît le contenu de chacune des boîtes, doit convaincre un autre de choisir l'une de ces deux options, lui proposant de lui faire ou non confiance.
- La bibliothèque des secrets
Cette bibliothèque remplie de livres aux pouvoirs encore inconnus regorge de mystères. Afin de pouvoir y entrer, les candidats doivent résoudre une énigme qui apparaîtra quand la Voix l'aura décidé. Le 10 juin 2012, Caroline résout l'énigme permettant d'ouvrir la porte de la bibliothèque des secrets et d'y accéder. Le 11 juin 2012, Caroline choisit Fanny pour l'accompagner dans ce lieu empli de mystère. Les deux jeunes femmes y découvrent la carte Joker. Lors du prime du 15 juin, Thomas, Capucine, Audrey et Virginie y accèdent afin de découvrir les différents livres qui leurs conféreront des pouvoirs particuliers. Le 17 juin, Thomas et Nadège pénètrent dans cette pièce et y découvrent la carte « Nomination d'office d'une fille ». Plus tard dans le jeu, Fanny découvre la carte « Switch » et Virginie la carte « Nominations inversées ». Julien y accède le 27 août afin après avoir découvert le secret de la maison, il y remporte le livre ultime.
- La salle des aveux
Cette salle est le lieu où les candidats peuvent découvrir toutes les vérités sur leurs camarades et peuvent se confronter à eux afin de s'avouer ce qu'ils se sont toujours caché. Cette salle a été utilisée lors du prime du 12 juin 2012.
- La deuxième maison
Comme lors de la saison précédente, une deuxième maison fait son apparition. Lors du prime du 22 juin, les habitants sont répartis dans deux maisons : la maison de la nomination (maison principale) et la maison de l'immunité (la deuxième maison). À l'issue de ce prime, la deuxième maison accueille Kevin, Julien, Yoann et Nadège. La deuxième maison ne communique pas avec la maison principale : seuls Nadège et Thomas peuvent se retrouver dans le confessionnal afin d'échanger des informations. Lors du prime du 29 juin, à la suite de nombreuses décisions, Julien, Yoann et Kevin quittent la deuxième maison, tandis que Virginie l'intègre. Lors de la 6e semaine, la deuxième maison, qui est toujours celle de l'immunité, est donc occupée par Nadège et Virginie. Le 1er juillet, Fanny remplace Nadège dans cette maison après avoir découvert la carte Switch. Nadège devient leur messagère pour le bien de la mission exceptionnelle qu'elle a reçu avec Audrey ayant pour but de faire croire à Virginie et Fanny qu'Audrey est tombée sous le charme de Kevin. Les candidats isolés peuvent tout de même avoir accès au jardin de la maison des secrets lors de certaines soirées et entrer en contact avec les autres candidats à travers la vitre du salon.
- La salle des duels
Cette salle blanche a été dévoilée par la Voix du dimanche 24 juin au mardi 26 juin. Deux candidats (un de la maison de l'immunité et l'autre de la maison de la nomination) s'y affrontent en duel durant trois jours. Le but de ces duels est de remettre en jeu l'immunité entre les deux maisons. La clé de la maison de l'immunité est ainsi placée au centre sur un coussin, le candidat qu remporte le duel remporte la clé et immunise donc sa maison. Seuls Virginie, Kevin, Nadège, Ginie et Thomas y ont eu accès.
- La Love Room
Comme chaque année, cette pièce romantique destinée aux couples fait son apparition. Son accès demeure libre à tous les habitants, mais elle a parfois été réservée à certains candidats. Pour cette sixième saison, la décoration est d'inspiration asiatique : une Joconde aux allures de geisha occupe le mur principal et surveille ainsi le lit rouge qu'occuperont les amoureux de la maison. Cette pièce est dévoilée lors du prime du 6 juillet, durant lequel le public refuse d'en laisser l'accès à Kevin et Virginie. Le 20 juillet 2012, grâce au téléphone rouge, Capucine gagne la clé de la Love Room, choississant d'y accéder avec Yoann. Capucine passera finalement la nuit avec Thomas. Cette salle est principalement occupée par le clan de Thomas, Capucine, Nadège et Audrey. Pour le bien de leur mission, elle fut occupée chaque soir par Capucine et Yoann du 24 au 28 juillet. Elle fut par la suite occupée par Capucine et Thomas pour le bien de leur mission. Elle fut ensuite utilisé par Julien et Fanny le jour ou cette dernière est revenue pour soutenir les finalistes. C'est ce même jour que Julien et Fanny se sont embrassés pour la première fois.
- La pièce secrète
Il s'agit de la deuxième maison réaménagée en chambre féminine et chaleureuse. Elle a été dévoilée lors du prime du 13 juillet 2012. Virginie l'a intégrée le même jour pour simuler son départ du jeu, les autres habitants la croient éliminée. Le 15 juillet, Kevin l'y rejoint, faisant croire à un abandon à la suite des départs de Caroline et Virginie. Ils rejoignent tous deux la maison le 18 juillet.
Le 10 août, la pièce secrète réapparaît et est réaménagée. Thomas et Nadège ont été choisi par le public pour l'intégrer alors qu'ils croyaient être nominés contre Audrey et Yoann puis éliminés. Ils vont habiter cette pièce durant une semaine. Audrey devient leur complice le 12 août ainsi que Yoann le 14 août.
- La salle rouge
Cette salle est celle de la nomination d'office : ceux qui y pénètrent sont automatiquement nominés pour la semaine suivante. Elle est accessible via une trappe située dans la bibliothèque des secrets. Il s'agit d'une pièce aux murs rouges et matelassés, un second téléphone rouge est situé au centre. Elle s'ouvre grâce à une clé que la Voix confie, lors du prime du 20 juillet, à Kevin et Sacha qui, ignorant qu'il s'agit de la salle de la nomination, y entrent et sont dès lors nominés. Néanmoins, la Voix leur offre la possibilité d'y inviter un troisième garçon de leur choix, qui sera également nominé. Ils désignent Yoann, puis les trois garçons en choisissent un quatrième : Julien.
- La salle des derniers mystères
Cette salle bleue et à l'allure scientifique a été découverte suite à la perte du secret de Julien. Celui-ci doit choisir un habitant qui devra l'accompagner. Julien a choisi Sacha. Pour accéder à la salle, Julien doit taper sa date de naissance sur un digicode. Lorsqu'ils en ressortent, Julien et Sacha partagent aux autres habitants l'énigme que leur à confiée la Voix. Le 6 août 2012, Julien a trouvé la réponse qui est la trappe qui se situe dans le jardin de la maison. En ouvrant cette trappe, il trouve un coffre qui recèle le pouvoir de nominer deux garçons et deux filles. Il nomine donc Thomas, Nadège, Yoann et Audrey. Mais cette nomination n'a pas eu lieu car le public devait voter pour qu'un binôme puisse rentrer dans une pièce secrète. Les candidats y découvrent également des indices ou énigmes afin de découvrir le secret de la maison lors de la treizième semaine.
- La salle du secret de la maison
Cette pièce noire avec un fond constitué de fumée bleue a été ouverte le 28 août. C'est Julien et Nadège qui en ont eu l'accès, l'un d'entre eux va gagner sa place en finale. Ce choix est entre les mains d'Audrey, Yoann et Sacha.
- La passerelle du public
Lors de la finale, Nadège, Julien, Audrey et Yoann ont pu directement faire face à leur public et prononcer un discours comme pour un meeting. Les anciens candidats pouvaient également venir les soutenir.